Die ersten 100 Jahre
Am 1. Januar 1906 wurde das Dorf Zähringen in die Stadt Freiburg eingemeindet. Zu den Versprechungen, die die Stadt bei den Eingemeindungsverhandlungen machte, gehörte die heutige Schule. Bereits 1907 wurde mit dem Bau begonnen, so dass die neue Schule ein Jahr später, am 5. September 1908 mit einer Eröffnungsfeier eingeweiht und in Betrieb genommen werden konnte.
Nach der Einweihung des neuen Schulhauses wurden zunächst nur 6 Klassenzimmer genutzt. 1914 fand in allen 12 Klassenzimmern Unterricht statt, und 1915 war der Ausbau von 4 weiteren Räumen im zweiten Obergeschoss abgeschlossen.
Den Fliegerangriff auf Freiburg am 27. November 1944 überstand die Schule unbeschadet, so dass sie etwa 2000 Ausgebombten Notunterkünfte bieten konnte. Von 1945 bis 1947 war das Schulhaus durch französische Truppen besetzt; allerdings fand in der Schule auch Unterricht statt. Dieser musste aber geräuschlos abgewickelt werden, da bei geringster Lärmbelästigung die sofortige Räumung drohte. Auch nach Ende der Besetzung konnte bis zur Fertigstellung der Lortzingschule im Jahre 1954 und der Tullaschule im Jahre 1966 der Unterricht nur im Schichtbetrieb durchgeführt werden. 1972 erhielt die Schule auch die bei der Eingemeindung durch die Stadt Freiburg versprochene eigene Turnhalle. 10 Jahre später, mit Beginn des Schuljahres 1982/83, wurde die längst notwendige Generalsanierung des Schulgebäudes begonnen, nachdem 1980 aufgrund der baulichen Mängel die Schließung der Schule drohte und Schulräume abgestützt werden mussten.
Ende November 1983 konnte dann der normale Unterrichtsbetrieb wieder beginnen. Die 75-Jahr-Feier wurde schließlich am 23. Juni 1984 nachgeholt. Der Umbau der Schule kostete 6,1 Mio DM.
Im Jahr 2008 wurde die Emil-Gött-Schule 100 Jahre alt, was mit einer Festschrift und einem großen Schulfest ausgiebig gefeiert wurde.
Neuere Geschichte
Eine große Veränderung ergab sich ab dem Schuljahr 2010/2011: Die Hauptschule wurde von der Emil-Gött-Schule abgetrennt. Zwar wurden die Jugendlichen der Klassen 5 - 7 weiterhin im Gebäude der Emil-Gött-Schule unterrichtet, sie gehörten aber zusammen mit den sie unterrichtenden Lehrkräften fortan in den Verantwortungsbereich der Albert-Schweitzer-Werkrealschule Gundelfingen. Mit dem Erreichen der 8. Klasse wechselten die Schülerinnen und Schüler ganz nach Gundelfingen, um dort auf die 10. Klasse vorbereitet zu werden. Die Außenstelle der WRS Gundelfingen in der Emil-Gött-Schule wurde in gemeinsamer Verantwortung der beiden Städte Freiburg und Gundelfingen getragen. Im Sommer 2012 musste aber mangels Schülern auch die Außenstelle geschlossen werden. Die Emil-Gött-Schule ist seither eine reine Grundschule.
Aber die freien Räume blieben nicht lange leer. Bereits nach den Sommerferien startete die Schulkindbetreuung mit neuem Konzept. Kernzeit, Hausaufgabenhilfe und Nachmittagsbetreuung lagen fortan in der Hand der Caritas Freiburg unter der Leitung von Frau Hoch-Göbel. Die beiden Räume der Physik wurden zur Mensa umgebaut, die Schulküche nutzt der Caterer zur Vorbereitung von mittlerweile 135 Mittagessen.
Seit 2013 werden an der EGS in einer sogenannten "Vorbereitungsklasse" auch Kinder unterrichtet, die ohne Deutschkenntnisse an die Schule kommen. Nach dem starken Zuzug von Flüchtlingen aus dem Irak und Syrien im Sommer 2015 wurde sogar eine 2. Vorbereitungsklasse eingerichtet.